Vi sinh vật đóng vai trò cơ bản trong trị nước thải công nghiệp. Các loại vi khuẩn có khả năng thủy phân các chất hữu cơ, vô cơ có trong nước thải thành phân giải. Quá trình này diễn ra mạnh mẽ và góp phần bảo vệ môi trường. Ví dụ điển hình của vi sinh vật trong xử